La présentation de la systématique végétale est une composante indissociable et emblématique des jardins botaniques qui sont les seules structures muséales à exposer au public la classification des plantes au sein d'un ensemble appelé "école de botanique".
Le système de classement présenté de nos jours se base sur l'analyse et la comparaison de séquences du génome des végétaux afin d'étudier leurs relations de parenté en fonction des caractères qu’ils ont en commun (Phylogénie). On rassemble ainsi les plantes dans des groupes emboités qui partagent les mêmes attributs (ou innovations évolutives) et qui disposent de fait d’un même hypothétique ancêtre commun.
L'école de botanique est actuellement en rénovation afin de présenter à terme l’ensemble des végétaux terrestres depuis les Bryophytes (mousses) jusqu’aux plantes à fleurs. Ceux-ci seront regroupés au sein d'ensembles (ordres ou autres échelons taxonomiques) installés dans des plates-bandes distinctes et clairement délimitées. Ces massifs comprennent eux-mêmes les familles botaniques représentatives qui leur correspondent, avec plus de 700 espèces de plantes annuelles, bisanuelles et vivaces ainsi que quelques arbrisseaux et arbustes. Afin de les différencier du reste de la collection, les plantes de l'école de botanique sont munies d'une étiquette bleue et non pas verte.
Des cheminements symbolisant l’arbre phylogénétique et ses ramifications reliront l’ensemble des groupes de plantes selon leur parenté, le tout présentant l'histoire évolutive du règne végétal.
