L’Institut de botanique, achevé en 1882, est un large bâtiment en angle à trois niveaux. Il est situé juste à côté du Jardin botanique : il suffit de traverser un petit chemin pour se trouver au milieu des collections de plantes.
Au rez-de-chaussée, la moitié des dix-huit pièces sont affectées au directeur et à sa famille. Deux pièces sont destinées à ses assistants. Le grand amphithéâtre constitue l’espace de plus imposant, avec, en annexe, une salle de préparation des cours communiquant avec les salles rassemblant les collections d’enseignement et de paléobotanique.
Le premier étage est occupé par les laboratoires d’enseignement et de recherches destinés au directeur et à ses collaborateurs. Parmi les vingt pièces aux hautes fenêtres, des salles sont réservées à l’herbier et à la bibliothèque. On note également la présence d’une serre expérimentale en forme de demi-hémisphère adossée à la façade sud.
Enfin, un petit jardin destiné aux cultures expérimentales est aménagé à l’extérieur, entre les deux ailes de l’Institut.
Le bâtiment n'étant plus adapté à la botanique telle qu'est pratiquée et enseignée au milieu du XXème siècle, un nouvel Institut sera construit (1965-1967) à la place des grandes serres du Jardin botanique, très abimées lors d'un violent orage de grêle en 1958. L'ancien institut est aujourd'hui occupé par d'autres composantes de l'Université.
L’Université de Strasbourg a procèdé en 2023 à la rénovation de la petite serre située sur la façade sud de l’ancien Institut de botanique. Le bâtiment abrite aujourd’hui la Faculté de philosophie.