Dès 1538, on fonde à Strasbourg une Haute École appelée « Gymnase » qui conjugue les aspirations de l’humanisme et de la Réforme : l’éducation y est morale et religieuse mais aussi de nature encyclopédique. En 1566, le Gymnase est érigé au rang d'Académie puis d'Université en 1621.
Afin d’améliorer l’instruction, la Faculté de Médecine décide de l’installation d’un Jardin botanique en 1619 dans le quartier de la Krutenau, sur un terrain cédé par le couvent Saint-Nicolas-aux-Ondes. À l’époque, l’enseignement médical inclue l’apprentissage de la reconnaissance des plantes, de leurs vertus médicinales et de la manière de les préparer en pharmacie. Ce sont alors des médecins comme Johann Rudolf Salzmann (1574-1656) ou Marcus Mappus (1632-1701) qui assurent la direction du Jardin botanique. L’organisation des plantations comme le tracé du jardin sont plusieurs fois remaniés. À l’origine, les végétaux sont réunis selon leurs propriétés médicales. Ensuite, le classement devient plus méthodique à mesure que la botanique s’émancipe pour devenir une science à part entière qui s’affranchit totalement de la médecine à la fin du XVIIe siècle.
